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Cysoing (Cisonium) est le centre d'un fisc impérial, celui de Louis le Pieux qui le donne à sa fille Gisèle, petite-fille de Charlemagne, lors de son mariage avec Evrard de FRIOUL. En 854 l'abbatiale est en cours de construction. C'est l'arrivée des reliques du pape Calixte qui justifiera son nom.

Rodolphe, le premier abbé, fait don de l'abbaye à l'archevêché de Reims. En 1112-1117 les chanoines se dispersent et les biens sont gérés par un prévôt laïc. L'abbaye dispose de deux centres éloignés : Le prieuré de Beaurepaire à Somain avec une maison de femmes (supprimée au milieu du XIIIe siècle) et une d'hommes, et Hertsberge (Ste Gertrude) un centre d'exploitation agricole au sud de Bruges.

En 1128 l'abbaye est administrée à nouveau normalement. En 1132 elle adhère à la congrégation d'Arrouaise (assez stricte) puis au début du XIIIe siècle à la congrégation Saint Victor de Paris.

En 1196 Ingebourge, épouse du roi de France Philippe Auguste, est répudiée et enfermée à Cysoing puis à Beaurepaire. En 1214 l'abbaye sert d'hôpital lors de la bataille du Pont de Bouvines. En 1393 et 1520 des incendies ravagent l'abbaye. En 1496 elle se rattache à la congrégation des chanoines réguliers Augustins de Windesheim, elle restera augustine jusqu'au bout. En 1566 et 1579 les gueux gyrovagues et iconoclastes ravagent à l'abbaye.